琉球列島には、クビワオオコウモリ（P. dasymallus）が生息していますが、本種は目立った大きな群れを成さないため個体群モニタリングがこれまで困難とされてきました。特に、沖縄島に生息するオリイオオコウモリ（P. d. inopinatus）個体群は、各個体が大きな島全域に分散しており、個体群サイズや分布、活動パターンなどを測定することが非常に困難とされいています。

　近代に入り、森林伐採などの土地開発はオオコウモリの生息地環境を大きく変えてきました。カラスなどによる農作物被害を防ぐために設置されたはずの防鳥網にオオコウモリが絡まり死亡するなど、農業従事者との軋轢も顕在化しています。こうした生息地撹乱や人間との軋轢は、本地域の個体群に深刻な悪影響を与えているかもしれませ​